腸外營養的并發癥主要有靜脈導管相關并發癥、代謝性并發癥、臟器功能損害以及代謝性骨病等。
一，靜脈導管相關并發癥、非感染性并發癥及感染性并發癥兩大類。前者大多數發生在中心靜脈導管放置過程中，發生氣胸、空氣栓塞、血管神經損傷等。也有少數是長期應用導管護理不當或拔罐操作所致，例如導管脫出、導管折斷、導管堵塞等。
感染性并發癥主要是指中心靜脈導管相關感染，周圍靜脈則可發生血栓性靜脈炎。
二，代謝性并發癥，腸外營養時提供的營養物質直接進入循環中，營養底物過量容易引起和加重機體代謝紊亂和器官功能異常，產生代謝性并發癥如高血糖、低血糖、氨基酸代謝紊亂、高脂血癥電解質及酸堿代謝失衡、必須的脂肪酸缺乏。在喂養綜合征維生素及微量元素缺乏癥等。
三，臟器功能損害，長外腸外營養和引起肝臟損害主要病理改變為，肝臟脂肪浸潤和膽汁淤積。原因是長期進食時腸內缺乏食物的刺激，腸道激素的分泌受抑制過高的能量供給和恰當的營養物質攝入等有關，此外長期進食可導致腸粘膜上皮絨毛萎縮，腸粘膜通透性增加，腸道免疫功能障礙導致腸道細菌易位而引起腸源性感染。
四，代謝性骨病，部分長期腸外營養病人出現骨鈣丟失，就是骨質疏松、血堿性磷酸酶增高、高鈣血癥、尿鈣排出增加四肢關節疼痛。
