第一，甲亢合并房顫時，首先要用藥物控制甲亢和心率，通常不進行非藥物的介入治療。
第二，甲亢伴有快速型房顫的初發病例，暫時不適予復率治療的這類患者，以房顫為首發癥狀的甲亢患者，針對甲狀腺毒癥，未能有效控制并發房顫的這類患者，治療上應當首先考慮控制心室率，同時要注意胺碘酮所導致的甲狀腺功能亢進和甲狀腺功能減退，胺碘酮禁用于患有甲狀腺疾病和碘過敏的患者當中，所以甲亢合并房顫的時候，應當積極治療原發病，使甲亢得到有效控制，與甲亢相關的房顫有時候在不用藥物糾正的情況下也可以完全恢復。治療上應當選用抗甲狀腺藥物，比如硫脲類、碘劑、放射性的碘等等，必要的時候可以采取甲狀腺手術來控制甲亢的發作。
第三，同時結合抗交感神經藥物治療，做到β受體組織劑全程足量應用，并且適時調整劑量，這是標本兼治的方法，大半部分的患者可以恢復成竇性心律，心室率控制的目標，靜息狀態下是60到80次每分，輕度活動不超過90次每分，中度活動可以在90到115次每分。
第四，對于甲亢合并房顫的老年患者，還要考慮到心肌缺血、房顫、心衰等因素的影響，進行全面、綜合和整體的治療，而且在合并房顫的患者當中，一定要做到出血和血栓風險的評估，適當的應用抗凝治療。
