如果確診是霉菌陰道炎，給予抗真菌的藥物進行治療，可以采取局部治療，也可以采取全身治療，以局部治療為主。
對于單純性的霉菌陰道炎，如果采取局部治療，常用的藥物是克霉唑制劑和咪康唑制劑等等。如果沒有性生活史或者是不適合局部用藥的，可以采取全身用藥，一般口服藥物治療，常用是氟康唑150mg頓服。
對于單純性陰道炎治療療程結束以后，如果癥狀控制了，建議停藥7到14天到醫院復查，以評價治療的效果，如果沒有徹底治愈，建議在原有陰道炎治療的基礎上，再延長治療一到兩個療程。
如果對于復雜性的陰道炎，包括嚴重的陰道炎或者是復發性的陰道炎，就是在單純性陰道炎治療的基礎上，再延長一到兩療程。對于復發性的，在臨床治愈以后，還要進行鞏固治療，目前沒有一個固定的治療的方案。
如果采取局部用藥，在每個月容易復發的時間，給予一個療程的局部用藥，連用六個月，如果采取口服藥物治療，可以每周口服氟康唑150毫克，連服6個月。
因為氟康唑屬于抗真菌的藥，長期服用可以導致肝功能異常，所以在服藥的過程中要嚴密監測肝功能，出現肝功的異常建議停藥，恢復正常以后可改用其它的藥物治療。
因為霉菌陰道炎是一種內源性的感染，如果性伴侶沒有癥狀，不需要進行常規治療，如果有癥狀要及時進行診治。
