首先要給予支持治療，包括一些保護措施，比如對于重型再障患者要給于保護性隔離，預防感染，注意飲食和環境衛生，注意避免出血，防止外傷和劇烈的活動，不要用對骨髓有損傷作用和抑制血小板功能的藥物。進行必要的心理護理，要給予對癥治療。
首先要糾正貧血，如果血紅蛋白低于六十克每升，而且病人對貧血耐受比較差的時候可以輸入紅細胞，但應防止輸血過多。
另外要控制出血，可以使用止血藥物比如酚磺乙胺，女性子宮出血可以肌注丙酸睪酮，輸入濃縮血小板對血小板減少引起的嚴重出血有效果，還要控制感染，及時采用經驗性廣譜抗生素治療，控制感染。真菌感染可以使用兩性霉素b等抗真菌藥物，要給予護肝治療，再障常合并肝功能損害應該選用護肝藥物。
針對發病機制的治療，首先是免疫抑制治療，可以給予抗淋巴胸腺細胞球蛋白治療，再就是環孢素以及其他藥物包括CD3單克隆抗體，麥考酚嗎乙酯，環磷酰胺，甲潑尼龍等。給予促造血治療，比如雄激素司坦唑醇，十一酸睪酮，達那唑，丙酸睪酮，造血生長因子特別適用于重型的再生障礙性貧血。重組人粒細胞集落刺激因子，可以促進白細胞增生。重組人紅細胞生成素可以促進紅細胞增生。
一般在免疫抑制治療重型再障后使用，造血干細胞移植對于四十歲以下沒有感染和其他并發癥，有合適供體的重型再障患者，可以考慮造血干細胞移植治療。
