克羅恩病的一般治療強調必須戒煙。早期營養支持治療：一般給予高營養低渣飲食，適當給予葉酸、維生素b12等多種維生素，重癥患者可以給予要素飲食和全胃腸外營養，除營養支持外還有助誘導緩解。腹痛腹瀉可以酌情使用抗膽堿能藥物和止瀉藥。合并感染的病人可以給予廣譜抗生素治療。
藥物治療可以分為活動期治療和緩解期治療，活動期可以給予氨基水楊酸制劑，比如柳氮磺吡啶，柳氮磺吡啶僅適用于病變局限在結腸的輕中度患者；
美沙拉嗪能在回腸末端結腸定位釋放，適用于輕度回結腸型及輕中度結腸型患者；
糖皮質激素，例如布地奈德，全身不良反應較少，可以作用于輕中度小腸型或回結腸型患者；
免疫抑制劑，比如硫唑嘌呤和巰嘌呤，適用于對激素治療無效或對激素依賴的患者，對硫唑嘌呤和巰嘌呤不耐受的病人可試換用甲氨蝶呤。
抗菌藥物，主要是硝基咪唑類和喹諾酮類藥物。甲硝唑對肛周病變，環丙沙星對瘺有效。
生物制劑，英夫利息是促炎性細胞因子的拮抗劑。緩解期治療也是使用氨基水楊酸制劑和或者是糖皮質激素。維持緩解治療用藥的時間可以長達三年以上。
再就是手術治療，因為手術后復發率高，所以手術的適應癥主要是針對并發癥。
包括完全性腸梗阻、瘺管與腹腔膿腫、急性穿孔或不能控制的大量出血，這種疾病的預后經治療可緩解，也可以自行緩解，但多數患者反復發作、遷延不愈，患者在病程中出現并發癥而需要手術治療，預后較差。
