因為腸結核和克羅恩病兩種疾病的臨床表現以及內鏡表現非常相似，有時兩種疾病的區分比較困難，但是這兩種疾病的治療方案和預后截然不同，因此必須將兩種疾病仔細區分。我們可以從以下九個方面來進行區分：
第一、腸結核的腸外結核表現比較多見，而克羅恩病一般沒有腸外結核的表現。
第二、病程方面：腸結核緩解與復發傾向不明顯，克羅恩病緩解與復發傾向比較明顯。
第三、腸結核的瘺管、腹腔膿腫、肛周病變少見，而克羅恩病可見。
第四、腸結核常沒有病變節段性分布，而克羅恩病已有病變成節段性分布。
第五、腸結核的潰瘍，常呈橫行淺表而不規則狀，而克羅恩病的潰瘍多成縱型裂隙狀。
第六、腸結核的活檢抗酸桿菌染色陽性可以有助于診斷，可見到干酪性肉芽腫可以確診腸結核，而克羅恩病的抗酸桿菌染色呈陰性，沒有發現干酪性肉芽腫。
第七、腸結核結核菌素實驗陽性，可以確診腸結核，克羅恩病一般不呈強陽性。
第八、進行抗結核治療之后腸結核的癥狀明顯改善、內鏡下面也可以看到有明顯改善或好轉，克羅恩病經抗結核治療癥狀多沒有明顯改善、內鏡所見也無改善。
第九、腸結核手術切除病變腸段及腸系膜淋巴結進行病理組織學檢查可以發現干酪性肉芽腫因而可以確診，克羅恩病不會發現干酪性肉芽腫，則可以排除腸結核的診斷。
