抗生素療程因感染的病原菌種類不同而異，《抗菌藥物療程應用指導原則》2015版指出，抗生素一般宜用至體溫正常、癥狀消退后3-4天。但一些難治性細菌，比如A組鏈球菌引起的咽炎和扁桃體炎，青霉素類或頭孢菌素至少要用到10天，以免細菌未徹底清除引起急性風濕熱或腎小球腎炎。銅綠假單胞菌因其易產生一層生物膜，抗生素不易進入，治療時常常需要多種抗生素聯合，治療的療程也較其它細菌長些。
而治療復雜的尿路系統感染時間也較久，非復雜泌尿系感染，磷霉素氨丁三醇散僅需要服用1次。急性細菌性咽炎及扁桃體炎，口服青霉素類阿莫西林、口服第一代頭孢或第二代頭孢，療程約10天；急性細菌性中耳炎，口服阿莫西林或一二代頭孢，根據用藥3天后的效果來判斷接下來的治療方案和療程；急性細菌性鼻竇炎，口服阿莫西林克拉維酸鉀，使用的天數約10-14天。
以上這些情況，僅僅是理想狀態下的抗生素需要使用的天數，如果是老年人或者孩子，療程還需要根據實際情況，比如血流感染、感染性心內膜炎、化膿性腦膜炎、傷寒、布魯菌病、骨髓炎、B組鏈球菌，感染的咽炎和扁桃體炎、療程更加長以徹底治愈，減少復發，不同的抗菌藥物有不同的抗菌機制，聯合藥物，如結核和非結核分枝桿菌就需要長程治療。
