癌胚抗原具有診斷腫瘤的意義，腫瘤狀態因為細胞極性的消失，人在胃腸道呼吸系統、泌尿系統等分泌的癌胚抗原逆向返流入血，會引起癌胚抗原水平的異常升高。癌胚抗原具有監測治療預后的意義，血清癌胚抗原含量高的腫瘤患者經過手術藥物等治療，病情會有所好轉。
癌胚抗原的可能會逐漸下降，一般腫瘤術后一到四個月內，癌胚抗原水平會逐漸恢復正常或者接近正常。癌胚抗原還可以用于惡性腫瘤的輔助診斷，腫瘤發展的監測，療效判斷和預后估計，但是它的特異性不強，對腫瘤的早期診斷也不是太敏感。癌胚抗原正常的并不能排除癌癥，癌胚抗原對腫瘤早期診斷不敏感，升高不多甚至不升高也是有可能的，癌胚抗原的見于癌轉移也會升高的比較明顯，對于原發性癌癥沒有轉移的患者，可能不會見明顯的升高。
癌胚抗原，鑒于各種腫瘤明顯升高的患者比例可達到70%以上，也就是說還有30%可能不會出現升高，擔當的癌胚抗原檢查職能提示，可能存在癌癥，但是無法確定這個癌癥的部位，他是與輔助癌癥診斷為主的，并不是癌癥的確診指標，癌癥的發病部位不同，癌胚抗原升高多久消化系統腫瘤為主，某些部位的癌癥對癌胚抗原的影響也不大，可能不見癌胚抗原升高，所以說癌胚抗原正常，并不能夠就排除癌癥。
