?慢性腎盂腎炎的臨床過程反復、潛隱并為進展性。延誤診斷及處理不恰當會導致最終進入終末期腎衰竭。因此一旦診斷明確，應積極地控制感染，并盡可能的糾正和去除患者存在的泌尿系統解剖異常、反流、結石和梗阻等情況。具體治療措施包括：
第一、增強體質，提高機體的防御能力。鼓勵多飲水、勤排尿，以降低髓質滲透壓，提高機體吞噬細菌的能力，并沖走膀胱的細菌，減輕排尿的不適癥狀。膀胱刺激癥狀明顯時可以給予碳酸氫鈉1克，每日3次，堿化尿液，緩解癥狀。
第二、控制和去除復雜的因素：積極的去除結石、梗阻、畸形等病因，對于膀胱輸尿管反流的患者給予外科治療從而制止尿液反流，定期排空膀胱。必要時可以給予長程低劑量抑制治療。
第三、抗感染治療：急性發作時按照急性腎盂腎炎的處理原則進行治療，強調治療前應進行尿細菌培養以確定病原菌。針對細菌產生耐藥性、病變部位形成瘢痕明顯、局部血運比較差、病灶內抗菌藥物濃度不足的情況，使用較大劑量菌類敏感抗生素，如加有酶抑制劑的半合成青霉素類制劑，療程4~6周。對于梗阻等解剖因素難以去除、又反復發生感染的患者，可以給予長程低劑量抑菌治療。
第四、保護腎功能：對于已經出現慢性腎功能不全的患者，應給予低蛋白飲食、降壓、糾正酸中毒、排毒等腎保護措施，禁用有腎毒性的藥物，以保護殘余的腎功能。
