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得反流性食管炎的原因有多方面，首先是抗反流屏障的破壞，我們食管下段括約肌，是食管與胃交界上的3到5厘米范圍內的高壓區，該處靜脈壓為15-30mmHg，會形成一個壓力屏障，起著防止食物反流入食管的生理作用，如果這里出現問題，就會容易使食物反流入我們的食管，而形成一個反流性食管炎。
另外，食管酸廓清功能的一個障礙，正常的食管酸廓清功能包括食管的排空和退中兩部分，當酸性物質反流時，只需要一到兩次食管繼發性的蠕動，即可排空幾乎所有的反流食物，當這種功能失去作用，或者是發生障礙的時候，就會使我們的食物在食管內的停留時間加長，長期的停留在一個高酸環境下，就會損傷食管壁。另外食管黏膜抗酸反流屏障功能的損害，這種功能就是防御屏障受損失，在正常返流情況下，也可以引起食管炎。
第四，胃十二指腸功能失常，胃排空的異常，還有十二指腸的一個反流，當幽門括約肌張力和食管壓力同時下降時，胃液中的酸和蛋白酶，十二指腸液中的膽酸、胰液和溶血性卵磷脂等，均可以同時反流入食管，侵蝕食管上皮的角化層，然后使之變薄或者脫落，而造成食管的損傷。
另外還有裂孔疝，常見的就是一個滑動疝，食管胃結合部隨胃體部上移，進入胸腔，這時也會形成一個反流性食管炎。還有一個妊娠嘔吐，因為我們妊娠增加了腹腔內的壓力，使我們的食管屏障，就上述的一些屏障功能減弱，而引起的一個胃液反流，形成的一個嚴重損害，還有其他的一些原因比如說器質性的疾病，食管下部的腫瘤、硬皮病或者是各種原因造成的幽門梗阻都會引起反流性食管炎。
