胃食管反流疾病的鑒別主要應排除其他易致胸骨后燒灼感或疼痛、咽喉部刺激癥狀等其他食管疾病，及呼吸、循環等系統疾病。
1、功能性消化不良與功能性燒心癥 本病常有緊張、焦慮等精神因素，患者具有燒心、早飽、上腹脹等消化系統癥狀，但胃鏡檢查時食管常無炎癥性病理改變，食管pH、LES壓力測定均正常，亦無肝膽胰腺疾病存在。
2、少數GERD患者可伴有或僅表現為胸痛、咽喉部異物感，或疼痛、聲嘶、咽球感、哮喘、咳嗽等食管外表現。當出現這些癥狀時，應注意與心源性胸痛、氣管炎、肺炎、支氣管哮喘等疾病相鑒別。
（1）心源性胸痛：常有高血壓、糖尿病史，年紀較大，多由于勞累、進食、激動誘發。胸痛有其特征性，與體位關系不明顯。含化硝酸甘油等血管擴張藥物有效，心電圖常有特征性改變。
（2）氣管炎、肺炎和支氣管哮喘：多有呼吸系統疾病的病史，呼吸道癥狀明顯，肺部可聞及干濕性羅音、哮鳴音。胸片可見肺紋理增粗、肺實變等改變，血白細胞常增高。必須指出，GERD患者胃食管反流嚴重時，反流物墜積于支氣管內，均可導致支氣管炎、肺炎或哮喘的發作。
（3）其他：本病還需與食管運動障礙性疾病、食管裂孔疝、食管良性及惡性腫瘤、感染性食管炎等疾病相鑒別。
