真菌性鼻竇炎分為非侵襲性真菌性鼻竇炎和侵襲性真菌性鼻竇炎。其中非侵襲性又分為真菌球和病理性真菌性鼻竇炎。侵襲性分為急性侵襲性真菌性鼻竇炎和慢性侵襲性真菌性鼻竇炎。根據類型的不同其治療方法也不相同。
一、手術治療。非侵襲性真菌性鼻竇炎行鼻內鏡手術，徹底清除患竇內真菌球或黏蛋白和真菌碎片。不可逆的病變組織，建立鼻竇寬敞永久性引流，保留鼻竇正常的黏膜和骨壁。侵襲型真菌性鼻竇炎則應行鼻竇清創術，手術方式可根據病變范圍，選擇傳統式或鼻內鏡手術，廣泛徹底清除鼻腔和鼻竇內病變組織外，并根據病變范圍廣泛切除，受累的鼻竇黏膜和骨壁，包括受輕和失活的鼻、鼻竇、口腔及眶內組織等，并確保鼻竇和眼眶的充分引流。真菌球經手術后多數可獲得治愈，病理性真菌性鼻竇炎較難治療，術后進行定期復查和隨訪，預防復發。
二、藥物治療。真菌球術后一般不需配合抗真菌藥物治療。病理性真菌性鼻竇炎術后應用糖皮質激素控制病情，能明顯減輕炎癥反應，黏膜水腫及息肉形成，降低術后復發率。目前多采用圍術期口服潑尼松或鼻內用人工合成長效糖皮質激素噴霧。但長期口服潑尼松時應注意并發癥。侵襲型真菌性鼻竇炎必須用抗真菌藥物，首選廣譜殺真菌藥兩性霉素B，對急性侵襲型真菌性鼻竇炎則靜脈點滴可獲良好控制，但副作用較大。術后應用抗真菌藥物兩性霉素B灌洗術腔，對控制復發有一定的作用。
