治療牙周炎的時間主要分為以下四個階段：
一：牙周基礎治療，要消除各種可能的致病因素，消除和控制牙周組織的炎癥包括傳授和指導教患者進行自我菌斑控制，規勸患者戒煙、戒酒。常規的影響牙質齦下刮治、根面平整，必要的牙體、牙髓的治療。必要的咬合、咬整，必要的保值有價值的患牙，必要的藥物治療通常需要一兩個月才能完成。
二：牙周手術治療，是牙周治療的第二個階段一般在基礎治療后一到三個月時對于牙周狀況進行再次的全面評估包括牙菌病控制、牙周袋深度探測出血情況、牙槽骨形態等，切記沒有經過牙周基礎治療，沒有很好的控制炎癥就進行牙周手術。
三：治療牙周修復，治療階段是牙周治療的第三個階段，通常在牙周手術后兩到三個月時進行，因此時牙周組織的形態和位置已基本穩定，可以進行永久性的修復治療和松動牙的固定。需要進行正畸治療的患者，也可以在這個時期進行。
四：牙周支持治療，是牙周治療的第四個階段，以往稱為恢復期，同樣是很重要階段，在此需要定期復查檢查患者菌斑控制情況，牙齦炎癥情況牙周袋深度、牙槽骨的變化以及危險因素的控制情況，發現問題進行必要的再次治療。
復查的間隔時間通常需要三到六個月復查一次，一年左右拍一次x線片。
