對于鼻竇炎引起的各種癥狀，藥物治療不見好轉時就應該考慮采用手術治療。手術治療有很多種，具體做何種手術需要醫生看病人的具體情況，對鼻腔鼻竇進行詳細的檢查才能決定。鼻竇炎的手術效果比較肯定，病人應該對鼻竇炎手術治療有明確的信心。
傳統的鼻竇炎手術包括上頜竇根治術，也就是將通過打開上頜竇前壁，清除上頜竇內的炎癥，并將其內壁與鼻腔相通。但近年來由于鼻內窺鏡技術的發展，手術適應范圍已經大大減少，主要用于牙源性上頜竇炎及霉菌性上頜竇炎或者有鼻竇腫瘤者。
鼻竇炎手術治療最主要功能性鼻內窺鏡手術，鼻竇內窺鏡治療鼻竇炎的原理也就是通過鼻竇內窺鏡直接開放鼻竇的開口，從而使鼻竇與外界相通，從而達到根治鼻竇炎的目的。采用此種手術治療后，鼻竇炎一般都可以得到很好的治療。
鼻竇炎的手術治療還需要根據鼻竇炎的最根本原因來進行治療，如鼻中隔偏曲時可以阻塞鼻竇的開口，醫生可能會建議進行鼻中隔偏曲矯正術。
如果是鼻息肉伴有鼻竇炎，則同時需要將鼻息肉徹底的摘除，尤其是鼻息肉病，往往同時伴有鼻竇炎，已經被做為疾病的分類，被稱為慢性鼻竇炎鼻息肉。
鼻竇炎的手術治療一般比較安全，效果也很可靠的，常見的鼻竇炎手術術后1周左右基本可以恢復正常。
