小兒心肌炎的治療，首先是臥床，臥床休息可預防急性期心肌內病毒復制的增加，因此急性期至少完全臥床八周，待心影恢復正常，心電圖改變明顯好轉后，開始稍微的活動，恢復期至少半天臥床六個月，心臟增大者臥床六個月以上，至心臟明顯縮小，有心力衰竭者嚴格臥床，至心衰穩定了以后，心臟檢查明顯好轉，再稍微的活動。
第二，是針對心肌的治療，高濃度大劑量維生素c對糾正休克，促進心肌病變恢復是臨床上常用的藥物之一，肌苷也是目前臨床上常用的輔助藥物之一。
第三，腎上腺皮質激素和免疫制劑，腎上腺皮質激素，主要用于搶救心源性休克和三度房室傳導阻滯，對其他治療無效者也可以試試用用。
第四，是合并心衰及心源性休克的處理，對并發心衰及心源性休克，必須及時給予積極的處理，處理原則與一般心衰及心源性休克相似，包括洋地黃，血管擴張藥，磷酸二酯酶抑制劑這類的，利尿劑等等。
第五，心率失常的治療，心率失常必須積極的治療，室上性心動過速，洋地黃治療有效，室性心動過速可用利多卡因或者是胺碘酮。
其他治療，近兩年有靜脈應用人血丙種球蛋白治療兒童心肌炎的報告，在一些病例，可應用左心室輔助裝置和主動脈球囊泵來支持心血管的系統，而在另一些患兒還可以用體外膜肺氧合治療。
