治療性障礙患者，需要采取綜合方法，對患有器質性疾病的患者，要積極治療原發病，藥物引起者停用藥物。
第一、要注意性教育及心理治療，加強性知識指導，消除對性問題的顧慮和恐懼，修正錯誤性觀念及性交方法，使夫妻性生活協調，心理治療強調個體化治療方案，常用的有精神分析法，厭惡療法，系統脫敏療法，家庭療法等。
第二、就是性行為治療，主要是通過性感集中訓練，使患者逐漸適應熟悉性交過程，提高患者對性反應的自身感覺，充分享受性交的快感，減輕對性交的焦慮和恐懼，治療過程中對方應該避免對患者性體驗，性自尊心和性幻想的不良刺激，避免有害的性引誘有活動，恥骨、尾骨肌訓練，對于在分娩后有盆地肌肉松弛現象，或者是恥骨尾部肌不發達的女性的特別有效。
第三、藥物治療，勃起功能障礙使用西地那非，伐地那非，或者是他達拉非等；早泄可以選用口服左旋多巴，麻黃素等促進射精的作用，三環類抗抑藥，是治療性恐怖癥和抑郁的首選藥物。
雌激素替代治療，可以增加陰蒂的敏感性和性欲，減輕性交疼痛，還可以使用物理治療，比如說電動按摩器，振蕩器，陰莖模型，針對陰莖本身疾病，如伴有包皮口狹窄的，包皮過長，和包莖的患者，可以采用手術治療，同時中藥治療和針灸治療，對于性功能障礙，也有一定的效果。
