不同分期、不同嚴重程度、不同表現的甲狀腺相關性眼病的治療方案均不盡相同。大部分的甲狀腺相關眼病為輕度，一般不需要治療。但大約有5%的患者會發展為重度，需要進行干預治療。
穩定期的甲狀腺相關眼病患者，主要根據不同的臨床表現進行相應的手術治療。如果存在嚴重的眼球突出，可以進行眼眶減壓手術。如果存在復視，可以進行斜視矯正手術。如果存在眼瞼退縮，可以進行提上瞼肌延長手術。活動期的甲狀腺相關眼病是治療的難點。由于尚沒有完全阻斷甲狀腺相關眼病炎癥活動的方法，所以目前的治療手段只是盡量降低炎癥活動的程度、縮短炎癥活動的病程。針對甲狀腺相關眼病這一常見眼眶病的活動期。
治療措施主要包括：糖皮質激素、眼眶放射治療、免疫抑制劑、生長激素類似物、免疫球蛋白。糖皮質激素是目前唯一被廣泛接受的藥物，可以口服、靜脈注射、局部注射。目前已經明確靜脈注射（大劑量甲強龍沖擊治療）是最佳的給藥方式。
近年來，眼眶放射治療逐漸被醫學界重視，治療效果可以與口服糖皮質激素媲美。而且，大劑量甲強龍沖擊治療聯合眼眶放射治療，對疾病的控制率顯著提高，可以作為甲狀腺相關眼病的非手術治療的最終方案。免疫抑制劑、免疫球蛋白可以作為糖皮質激素、眼眶放射治療的替代治療方案，具有一定的療效。生長激素類似物治療甲狀腺相關眼病，目前國際的觀點并不統一，頗有爭議。
因此，作為最常見的眼眶病之一，甲狀腺相關眼病的治療是一個復雜的過程，需要根據每一個患者的自身的臨床表現選擇最佳的治療方案。
