房顫合并冠心病患者的治療難點在于抗凝治療。房顫患者的心房收縮功能降低，血液瘀滯，紅細胞聚集，形成紅色血栓；而冠心病患者的血栓則來自于冠脈斑塊破裂、血小板聚集形成的白色血栓。在房顫患者中，阿司匹林及雙聯抗血小板治療是無法預防卒中的，而且出血風險比較大。
大部分房顫患者都需要行抗凝治療，房顫抗凝首先需要評估患者風險，如果評分≥1分的患者都需要抗凝治療。合并冠心病的患者還需要抗血小板治療，但數據提示推行雙聯或三聯抗栓方案存在困難，主要的顧慮是出血風險。房顫合并冠心病患者抗栓首先需考慮冠心病的類型，是穩定性冠心病還是急性冠脈綜合征，也或是支架術后抗栓。
對出血風險較低(HAS-BLED0~2)患者，穩定性冠心病三聯抗栓至少一個月，但不超過6個月，口服抗凝藥加氯吡格雷12個月，口服抗凝藥抗凝終生；急性冠脈綜合征患者三聯抗栓6個月，口服抗凝藥加氯吡格雷12個月；口服抗凝藥物抗凝終生。
對出血風險較高的患者，穩定性冠心病評分等于1分，口服抗凝藥加氯吡格雷12個月，口服抗凝藥抗凝終生；如果評分≥2：三聯抗栓1個月，口服抗凝藥加氯吡格雷12個月，口服抗凝藥物抗凝終生；急性冠脈綜合征患者三聯抗栓1個月，口服抗凝藥加氯吡格雷12個月，口服抗凝藥物抗凝終生。
