糞便檢測臨床上很常用，可以借此初步了解消化系統有沒有炎癥、出血、寄生蟲感染、惡性腫瘤等情況，間接判斷胃腸、胰腺、肝膽的功能情況。
檢測可分為一般性的性狀檢測、顯微鏡檢測、化學檢測和細菌學檢測，前兩項屬于糞便常規檢測。
一般性狀檢測是通過肉眼觀察糞便的性狀進行初步判斷，正常情況下為黃褐色柱形軟便，在某些病理情況下糞便的顏色或形狀會出現變化，比如鮮血便、柏油樣便、白陶土樣便、膿血或膿血便、米泔水樣便、黏液便、稀糊狀或水樣便，細條樣便等等，這往往是某些疾病的信號，中老年患者自己可以平時觀察一下。
顯微鏡檢測是常規檢測的重要手段，即借助顯微鏡觀察糞便中的有形成分，看是否有異樣的白細胞、紅細胞、腸黏膜上皮細胞或腫瘤細胞等，是否有異常增多的淀粉顆粒、脂肪小粒等，還能尋找寄生蟲和蟲卵以助診斷。
化學檢查又叫隱血實驗，是通過特定的化學方法檢測肉眼及顯微鏡都未能發現的出血，對消化道及少量的出血都能明察秋毫，它能夠提早發現消化系統出血性病變，如消化性潰瘍的間歇性少量出血、消化道惡性腫瘤的潛在性出血等等。
細菌學檢測是通過糞便直接涂片鏡檢，還有細菌培養查到腸道致病菌的方法，能夠幫助確診腸道感染，鑒定菌種，選擇敏感的治療藥物。
