體質因素、感染因素和消化功能紊亂。
體質因素，一、嬰兒胃腸道發育不夠成熟，酶的活性較低，但營養需要相對的多，胃腸道負擔重。二、嬰兒時期神經、內分泌、循環系統及肝腎功能發育均未成熟，調節機能較差。三、嬰兒免疫功能也不完善，血清大腸桿菌抗體滴度以出生至兩周歲最低，以后漸升高，嬰兒嬰幼兒易患大腸桿菌腸炎，母乳中大腸桿菌抗體滴度高，特別是初乳中致病性大腸桿菌分泌性IgA高，所以母乳喂養兒較少發病，患病也較輕。四、嬰兒體液分布和成人不同，細胞外液占比例較高，水分代謝旺盛，調節功能又差，較易發生體液電解質紊亂，嬰兒易患佝僂病和營養不良，以致消化功能紊亂，此時腸道分泌型IgA不足，腹瀉后易遷延。
感染因素分為消化道內與消化道外感染，以前者多見。消化道內感染致病微生物可隨污染的食物和水進入小兒消化道，易發生人工喂養兒，喂哺時所用器皿和食物本身未經消毒和消毒不夠也有感染的可能，病毒也可通過呼吸道和水源感染，其次是有成人帶菌者的傳染。消化道外感染，消化道外的器官組織受到感染也可引起腹瀉，常見于中耳炎、肺炎感染和泌尿道感染、皮膚感染等，濫用抗生素導致腸道菌群紊亂，長期大量的應用抗生素，可使腸道菌群發生紊亂，導致腹瀉的發生。
消化功能紊亂，因飲食因素不耐受碳水化合物、食物過敏、藥物影響，都可以使消化功能紊亂引起腹瀉。
