子宮內膜異位癥的病機是瘀血內停，故治療原則以活血化瘀為主。因本病發生與月經周期有關，治療時尚需結合月經周期的不同體質分別論治。
一般經前以調氣祛瘀為主，經期以活血祛瘀，理氣止痛為主，經后以益氣補腎、活血化瘀為主。中醫可以分為以下幾個證型：
（1）氣滯血瘀證，可見經前、經行下腹脹痛、拒按，前后陰墜脹欲便，經血紫暗有塊，塊去痛減，腹中積塊，固定不移，伴胸悶乳脹；舌紫暗有瘀點，脈弦澀。治療是以理氣活血，化瘀止痛為主，用隔下逐瘀湯加減。
（2）寒凝血瘀證，可見下腹結塊，經前或經行小腹冷痛，喜溫畏寒，疼痛拒按，得熱痛減，經量少，色紫暗，或經血淋漓不盡，形寒肢冷，面色蒼白；舌紫暗，苔薄白，脈沉緊。治療以溫經散寒，活血祛瘀為主。
（3）濕熱瘀結證，可見下腹結塊，平時小腹隱痛，經期加重，灼痛難忍，拒按，得熱痛增，月經量多，色紅或深紅，質黏，帶下量多，色黃質黏味臭，或伴低熱綿綿，或經行發熱；舌質紫暗，舌邊尖有瘀斑、瘀點，苔黃膩，脈濡數或滑數。治療以清熱利濕，活血祛瘀為主。
（4）痰瘀互結證，可見下腹結塊，婚久不孕，經前、經期小腹掣痛，疼痛劇烈，拒按，平時形體肥胖，頭暈沉重，胸悶納呆，嘔惡痰多，帶下量多，色白質黏，無味；舌暗，或舌邊尖有瘀斑、瘀點，苔白滑或白膩。治療以化痰散結，活血逐瘀為主
