手術治療仍然是治療肝包蟲病的主要治療手段，手術原則是清除內囊，防止囊液外溢，消滅外囊的殘腔，預防感染。具體手術方法：
包囊的大小有無膽瘺和感染或者是鈣化而決定，術中可以靜脈滴注氫化可的松一百毫克，以防術中囊液潰入腹腔引起過敏性休克。手術方式需要依據有沒有合并感染而定：
1，內囊摘除術，是臨床上最常用的方法，適用于無感染的病例。切口一般選擇在上腹包塊冗起膠顯著處，手術顯露包除囊腫后，用濕紗布墊保護切口和周圍的臟器，紗布墊上再鋪一層浸有10%甲醛溶液的紗布，在沒有膽汁泄露的情況下，再注入10%甲醛溶液，殺滅頭節，五分鐘后析出，如此反復二到三次，最后將囊內液體吸收干凈。
2，外囊敞開術，突破包蟲病以前治療的一些禁區，它的適應癥是完全內囊摘除和穿刺內囊摘除的單純性包蟲病；內囊變變性壞死或者是內囊退化，以及內囊鈣化的肝包蟲病；合并輕度感染壞死，而沒有全身癥狀的肝包蟲病；合并膽瘺經縫合修補，及有少量膽汁滲出的肝包蟲病。
3，袋形縫合術，適用于已經有感染的囊腫。
4，肝切除術，這種方法能完整地切除，治療效果最佳，
5，腹腔鏡摘除術。腹腔鏡手術治療肝蟲病是一種微創有效的方法，治療效果比較好。
6，肝移植治療。由于肝泡性包蟲病臨床發現都在中晚期，能達到根治性的切除病灶的病例也不到30%，晚期肝包蟲病是肝移植的良好指征。
