乳腺囊性增生病主要是對癥治療，若腫物可以癌變或對癥治療后腫物無明顯消退者，應于切除，并做病理檢查，其具體的治療方法為：
一、對癥治療，可用中藥或中成藥調理，因乳腺囊性增生病的發生機制與乳腺癌的發生，有其同源性，固也可應用抗雌激素藥物進行治療。
1，內分泌治療，他莫昔芬是一種非甾體類的抗雌激素藥物，月經干凈后第五天口服，每天兩次，每次10毫克，連用十五天停藥，也可于下次月經來潮后重復，但是長期應用他莫昔芬，可以導致子宮內膜癌癌變和增加肝細胞損害的危險。
2，中醫中藥治療，對青年女性患者，一側或兩側乳房出現腫塊和疼痛，并隨月經周期變化，同時伴經前心煩易怒、胸悶、噯氣、兩肋脹痛者，可用逍遙丸、逍遙散、乳疾靈顆粒等。
中年已婚婦女，以乳房腫塊為主癥，疼痛稍輕伴隨月經不調、耳鳴目眩、身體乏力可用平消膠囊、小金丹等。
二、手術治療，在以下情況下需要采取手術治療，預防乳腺癌的發生。
1，乳腺不規則腫物，年齡大約四十歲或針吸細胞學檢查，提示非典型增生者，應做局部活檢。
2，年齡大于五十歲，有乳腺癌家族史，或非典型增生有明顯增生，或乳頭狀瘤病，患者可行預防性乳房皮下切除。
3，生育后婦女，伴有乳腺癌家族史，并且為BRCA基因突變攜帶者，建議行預防性雙乳切除術。
