氣管、支氣管結核的診斷依據，是除了具有結核病的臨床表現外，還需要具備支氣管鏡下見到氣管結核的典型表現。檢查抗酸桿菌是陽性，或者病理符合結核表現。支氣管鏡檢查是診斷支氣管結核的重要方法。它可以直接觀察到支氣管內的病變情況，明確支氣管結核的臨床分期，以指導臨床的治療，同時可以對病變部位進行活檢，對支氣管內分泌物做一個涂片及結核分支桿菌的培養，來進一步明確診斷。
臨床上發現有些患者，在確診氣管、支氣管結核的時候，已經形成了肺不張，其次這個病早期的診斷是比較難的，因此臨床上在有下列情況存在的時候，應該警惕是否有氣管支氣管結核。
第一、有刺激性的干咳癥狀，經抗炎治療兩周后沒有明顯的好轉，或反復出現的干咳癥狀。即使胸片檢查沒有異常的時候，也應該注意到查痰找結核桿菌，必要的時候做纖支鏡檢查，明確是否有支氣管內膜的病變。
第二、病因不明的肺不張者，或者肺內病灶呈沿氣管播散狀，應該將痰結核分支桿菌，和纖支鏡檢查列為常規的檢查項目。
第三、抗結核治療后，肺內的病變吸收明顯。但是咳嗽的癥狀沒有明顯好轉的時候，應該做一個纖支鏡檢查。
第四、正規的抗結核治療后，在排除了耐多藥結核病等其他影響病灶吸收的情況后，如病變的吸收不明顯，應該做一個纖支鏡檢查。觀察是否存在影響病灶吸收、好轉的氣管支氣管局部因素。
第五、縱膈淋巴結結核出現，淋巴結液化或者是壓迫氣管，支氣管管腔的時候，或者是肺內新近出現了，播散性病灶的時候。
