根據肝膿腫的不同分類，其治療方法也有所不同。
一、細菌性肝膿腫。
1、抗生素。對于急性期肝局限性炎癥，膿腫尚未形成或多發性小膿腫，應積極的內科保守治療。在治療原發病灶的同時，使用大劑量的抗生素和全身支持療法，控制炎癥，促進炎癥的吸收。
2、抗生素加經皮穿刺引流。在全身使用抗生素的同時，對單個較大的肝膿腫可在B超引導下穿刺吸膿，盡可能吸盡膿液后注入抗生素，致膿腔內可以隔數日反復穿刺吸膿。也可置管引流膿液，同時并沖洗膿腔并注入抗生素，待膿腔縮小，無膿液引出后，再拔出引流管。
3、抗生素加外科引流。對于較大的肝膿腫，估計有穿破可能，或已穿破并引起腹膜炎、膿胸以及感染性肝膿腫或慢性肝膿腫。在全身應用抗生素的同時，應積極進行膿腫外科切開引流術。
4、抗生素加外科切除。對于慢性后壁肝膿腫和肝膿腫切開引流后，膿腫壁不塌陷，留有無效殘腔或竇道長期流膿不愈合，以及肝內膽管結石合并左外葉多發性肝囊腫，且肝葉已嚴重破壞失去正常功能者，可行肝葉切除術。
二、阿米巴性肝膿腫、真菌性肝膿腫。阿米巴性肝膿腫及真菌性肝膿腫治療，首先考慮內科保守治療。全身使用抗阿米巴藥物及抗真菌藥物，其他治療原則與細菌性肝膿腫基本相同。
