慢性便秘從病因上可以分為器質性和非器質性兩類，所謂器質性便秘，是指基于消化道疾病，內分泌代謝疾病，藥物及化學品中毒，神經系統疾病等所致的便秘。如果慢性便秘無上述等明確病因，則為非器質性便秘，后者在有慢性便秘史的人群中約占50%。
器質性便秘的病因主要包括有：
一、腸管器質性病變，如腫瘤，炎癥或其它病因引起的腸腔狹窄或梗阻。
二、直腸肛門病變，直腸內脫垂，痔瘡，直腸前膨出，恥骨直腸肌肥厚，恥直分離，盆底病等。
三、內分泌和代謝性疾病，如糖尿病，甲狀腺功能低下，甲狀旁腺疾病等。
四、系統性疾病，如硬皮病，系統性紅斑狼瘡等。
五、神經系統疾病，如中樞性腦部疾患，腦卒中，多發硬化脊髓損傷以及周圍神經病變等。
六、腸管平滑肌或神經炎性病變。
七、結腸神經肌肉病變，假性腸梗阻，先天性巨結腸，巨直腸等。
八、神經心理障礙。
九、藥物性因素，如鐵劑阿片類藥物，抗抑郁藥，抗帕金森病藥，鈣通道拮抗劑，利尿劑以及抗組胺藥物等。
非器質性便秘的病因主要有以下幾類：
一、功能性便秘。
二、功能性排便障礙。
三、腸易激綜合征便秘型。
引起上便秘的因素可能與精神壓力過大，進食較少，特別是膳食中纖維素含量過少，運動量過少等有關。
