由于結石使尿液瘀滯，易并發感染，同時結石作為異物，促進感染的發生，感染可加速結石的增長和腎實質的損害，兩者形成惡性循環，對腎功能造成嚴重的破壞，在未祛除結石之前，感染不易控制，嚴重者可并發菌血癥或膿毒血癥，甚至危及患者的生命。
所有的結石患者都必須進行菌尿檢查，必要時行尿培養。
當菌尿實驗陽性或者尿培養提示細菌生長或者懷疑細菌感染時，再取石之前應該使用抗生素治療。
對于梗阻表現明顯，集合系統有感染的結石患者，需進行置入輸尿管支架或經皮腎穿刺造瘺等處理，上尿路結石梗阻并發感染，尤其是急性炎癥期的患者不宜碎石，否則易發生炎癥擴散，甚至出現膿毒血癥，必須先控制感染，而此類患者單用抗生素又難以奏效，此時亦不宜行輸尿管鏡取石，通過經皮腎微穿刺造瘺及實行梗阻以上尿路引流和減輕炎癥，使炎癥易于控制，避免感染與梗阻造成腎功能的進一步損害。
經皮腎微穿刺造瘺術的應用，擴大了體外沖擊波碎石及腔鏡取石的適應癥和減少并發癥，提高成功率，兩者合并應用是上尿路結石梗阻伴感染的治療方法。
結石并發尿路真菌感染是臨床治療的難點，常見于廣譜抗生素使用時間過長，出現尿路真菌感染時，應積極應用敏感的抗真菌藥物，但是全身應用抗真菌藥物毒副作用大，可能加重腎功能的損害。采用局部灌注抗真菌藥物治療上尿路結石并發真菌感染，是控制真菌感染的好方法。
