對于兒童直徑小于等于20毫米的腎結石，體外沖擊波碎石術仍是侵入性最小的治療手段，效果顯著。一方面由于兒童組織器官內含水量較成人高，使得沖擊波在體內不易衰減，更容易發揮治療作用，另一方面，兒童的結石成分不同于成人，更容易被擊碎而排石成功。
對于年齡小于十歲的兒童，為避免碎石過程中發生結石移位以及定位的需要，通常可考慮采用全身麻醉，此外為避免體外沖擊波碎石過程中潛在的腎功能損害，可考慮治療過程中酌情減少沖擊波的次數和能量，從而保護兒童的腎臟功能，對于直徑大于20毫米的腎盂或腎盞結石，推薦采用經皮腎鏡碎石術，兒童經皮腎鏡碎石術，術前評估手術，適應癥和操作與成人相似。隨著輸尿管鏡設備的改進，使得輸尿管鏡碎石，越來越多的被應用在兒童尿路結石的治療上，目前主要采用鈥激光超聲以及氣壓彈道碎石等手段，而輸尿管結石已成為治療兒童上尿路結石的有效方法。
對于近端輸尿管結石和直徑小于1.5厘米的下組腎盞結石尤為有效，大部分兒童泌尿系結石可通過體外沖擊碎石，經皮腎鏡和輸尿管鏡進行處理，但對于某些復雜性結石以及合并嚴重的先天性畸形，從而限制腔道的手術操作的患兒，仍可考慮腹腔鏡和開放手術治療，所有兒童泌尿系結石的患者均需進行完整的代謝評估，并根據結石成分的結果采取相應的措施，以預防結石的復發。
