肛周膿腫的治療，包括非手術治療以及手術治療。
非手術治療包括抗生素治療、溫水坐浴、局部理療以及口服緩瀉劑，或者液體石蠟，以減輕排便時疼痛。
手術治療。膿腫切開引流是治療直腸肛管周圍膿腫的主要方法，一旦診斷明確及應切開引流。手術方式以膿腫的部位不同而不同，包括肛門周圍膿腫切開引流術。可在局麻下進行，在波動最明顯處，做與肛門呈放射狀切口，不需要填塞以保證引流通暢。
如果坐骨肛管間隙膿腫，要在腰麻或者骶管麻醉下進行，在壓痛明顯處用粗針頭先做穿刺，抽出膿液后，在該處做一平行于肛緣的弧形切口，切口要過長，可用手指探查膿腔。切口應距肛緣三到五公分，以免損傷括約肌，應置管或者放置油紗條進行引流。
如果是骨盆直腸間隙膿腫，切開引流術要在腰麻或者全麻下進行。切開部位因為膿腫來源不同而不同。膿腫向腸腔突出，手指在直腸內可觸及波動。應在肛鏡下行相應部位，直腸壁切開引流。同時切緣電凝止血。若經坐骨直腸間隙引流，日后易出現肛門括約肌外露。
源于經括約肌、肛瘺感染者，引流方式與坐骨肛管間隙膿腫相同。只是手術切口稍偏肛門后外側，食指在直腸內做引導，穿刺抽出膿液后切開皮膚，皮下組織，改用止血鉗分離。當止血鉗觸及肛提肌時，則遇到阻力。在食指引導下，稍作用力即可穿破肛提肌到達膿腔。若經直腸壁切開引流，易導致難以治療的，肛管括約肌上瘺。
對于其它部位的膿腫，若位置較低，在肛周皮膚上直接切開引流，若位置較高則在肛鏡下切開直腸壁引流。
