甲亢的并發癥有的比較輕，也有的比較重，輕的就比如甲亢對于血液系統的影響，有可能導致白細胞降低，導致貧血，也有可能會影響到肝臟導致肝功能不全，引起消化道的癥狀食欲減退，甚至黃疸。但是這一方面相對來說治療起來難度都不是特別大，白細胞降低，輕度的貧血也不會特別的嚴重，肝功能不全大多數都是比較輕的，但是也有重的。
除了血液系統和肝臟之外，甲亢還有可能會引起來眼睛的病變如浸潤性突眼，是由于甲亢的特異性抗體，促甲狀腺受體抗體攻擊了眼睛的眼外肌，球后肌肉以及球后的結締組織而導致的，如果一旦發生球后結締組織或眼外肌的纖維化就會導致終身的突眼，甚至影響眼球的活動。
還有心臟的病變，心臟病變可以表現為心肌缺血，可以表現為心律失常，也可以表現為心臟擴大，甚至心功能衰竭。如果說甲亢持續時間短基本上都是可逆的，但是如果甲亢時間過于長結構已經發生不可逆改變，不管是心律失常，還是心臟擴大，還是心功能不全或者心力衰竭都有可能會持續伴隨。
除此之外，甲亢的并發癥還可能會有甲亢相關的肌肉病變，表現就是近端肢體無力，在甲亢治療之后大多數都是可以緩解的。甲亢的低鉀周期性麻痹，突然的軟癱也跟甲亢有關系。
最嚴重的急性并發癥就是甲亢危象，甲亢危象就會出現突然的體溫升高，心功能的異常，心率的嚴重增快，甚至發生意識障礙，甲亢危象是可以危及生命的。
