首先要和急性造血功能停滯。因為小孩子在生長發育過程當中，他免疫力不健全，所以他容易感染，感染的時候有的時候，受到打擊骨髓的時候，會停滯一段時間，這個時間一般是七七四十九天。在四十九天之內如果恢復了，同時我們也找到了感染源，給予相應的處理，這個時候他就不是再障，他就是急性造血功能停滯。所以我們再障確定診斷的時候，一定要除外造血功能，不要急于的上那種風險高的，或者是費用高的，或者是毒性大的一些藥。家長現在經常來咨詢到底要不要上藥，我說如果孩子不重，你可以等等七七四十九天，度過了這個急性造血功能停滯期，看是否真正的再障，所以第一點，要和急性造血功能停滯。
再有一個就是和噬血細胞也要鑒別。也是感染，也是三系減低，但是噬血細胞通常是肝脾腫大，我們再障肝脾一點不腫大，還有它可以看到骨髓里邊有噬血細胞，那么我們再障不會出現的。當然噬血細胞有噬血細胞的其他的一些診斷的指標，比方說鐵蛋白的問題了，甘油三酯、纖維蛋白原血癥，有沒有肝功能衰竭，還有CD25，還有等等其他的噬血的一些診斷。那么還要和白血病的鑒別。白血病有的時候也是三系減低，但它也是肝脾腫大，骨髓穿刺一下就會看到很多的，就是白血病的細胞，這個也容易鑒別診斷。
但是有一個重要的鑒別診斷，在我們臨床上也非常的棘手，就是說低增生的MDS。MDS是骨髓增生異常綜合征，它不是不造血，它是瞎造，造出來的細胞沒有功能，所以它也會三系減少，有的時候也會嚴重的感染，發燒、貧血，跟再障是一樣的。但是這個時候，我們再生障礙性貧血，有再障的一些診斷的指標，通常我們會做一些染色體，基因的測序，有MDS的一些相應的臨床表現。骨髓增生異常綜合征，它治療起來也非常非常的棘手，不像再障這么一個單一的，就是不造血，所以有相應的一個治療的原則，我們要和MDS，尤其是低增生的MDS鑒別，這是最重要的幾個鑒別診斷。
