第一，如果甲亢長期得不到治療，可以發生甲狀腺功能亢進性心臟病。甲亢性心臟病可以有多種表現，包括心肌缺血、心律失常、心功能衰竭，最嚴重的后遺癥就是心力衰竭。心肌缺血在甲亢治療之后一般都是能得到完全緩解的；但心律失常是有可能遺留的，如果甲亢性心臟病持續時間過長，導致心臟結構改變，心律失常有可能會遺留為后遺癥；而心功能衰竭也是跟甲亢的時間或者甲亢性心臟病的時間有關系，如果持續時間過長有可能會遺留心功能不全。
第二，眼睛相關的并發癥叫做甲狀腺浸潤性突眼，只有特定的疾病Graves病，也叫彌漫性毒性甲狀腺腫的患者才有可能會發生，而且不是所有人都會發生。但是一旦發生甲狀腺浸潤性突眼治療難度會比較大，有很多甲狀腺浸潤性突眼患者因為沒有得到及時的治療會遺留雙眼突出、眼球活動障礙，甚至視力受到終身的影響，還有可能會失明。
第三，甲亢相關的并發癥還有肌肉病變，表現是近端肢體無力，一般甲亢治療之后都會得到明顯的緩解。
還有一個表現叫做低鉀周期性麻痹，低鉀周期性麻痹不是甲亢的后遺癥，但是因為甲亢會復發，所以低鉀周期性麻痹可能會伴隨甲亢復發而再次出現，而低鉀周期性麻痹一旦發生癥狀會比較明顯和突出，可能會導致全身突然軟癱。
