胃食管反流病的危害，主要反應在我們的食管，以及食管外的一些器官。它危害于食管，就可以導致，如果是一個慢性的長期發作的。這種胃食管反流病，如果沒有控制它的話，可以導致食管除了發炎之外，還可以出現食管的狹窄，食管狹窄了之后，就會出現我們的吞咽、進食的一個障礙，這個危害是非常大的。
如果再沒有得到控制的話，它可以下一步，有可能會出現食管癌，barrett食管。barrett食管和食管癌。這兩類是胃食管反流病，最嚴重的一個并發癥，barrett食管基本上我們會認為，是一個食管的癌前病變。食管癌就不用說了，直接就是食管的惡性腫瘤了，這兩個是對食管最嚴重的危害。
此外如果急性的比較重的危害，還可能導致我們食管的出血，常規來說它一般不出血，但是如果在合并我們惡心嘔吐，加上賁門黏膜的這種損傷的話，它可能會導致大出血，這是食管內的一些危害。對食管外器官的危害，主要表現在當胃食管反流，反流到我們的支氣管，肺上的時候，就可能會出現反流性的哮喘，反流性的咳嗽，然后吸入性肺炎，會對我們的呼吸系統，產生炎癥刺激，會危害呼吸系統。
其次，如果反流到位置更高一些，到了咽部、喉部，就會引起聲嘶、咳嗽、咽部異物感，導致反流性咽炎、反流性喉炎。如果反流往上面更高走，就可能到鼻腔、耳朵，有可能會導致我們的鼻竇炎，還有中耳炎都有可能。
