腎功能衰竭的病因是要根據急慢性腎功能衰竭的不同而有所不同的。
引起急性腎衰竭的原因有腎前性的因素、腎性的因素和腎后性的因素。腎前性的因素指的就是由于各種原因導致的腎臟缺血而導致的急性的腎臟衰竭，當患者存在休克、明顯的低血壓、大量的失血、失液以及心功能衰竭等情況的時候，腎臟是缺血的，可以導致急性腎衰竭。腎后性的原因主要指尿路出現了梗阻而導致尿液流出不通暢從而導致的腎衰竭，比如泌尿系統存在結石、腫瘤或者糖尿病的病人存在神經元性膀胱等原因，是可以導致腎后性的急性腎衰竭。腎性原因，是指患者的腎小球、腎小管、腎間質以及腎血管任何部位出現了損傷，而導致的急性腎衰竭。比如藥物可以導致急性腎小管壞死，可以導致急性過敏性間質性腎炎，狼瘡可以導致狼瘡性腎炎，原發性的腎臟疾病急性發作等，這些急性病變都可以導致急性腎衰竭的發生。
而導致慢性腎衰竭的原因，主要是有遺傳性腎病、繼發性腎病和原發性腎病，比如遺傳性腎病，如多囊腎Potter的綜合征。繼發性腎病像藥物性損傷、狼瘡性腎炎、紫癜性腎炎、高血壓腎病、糖尿病腎病等。原發性的腎病，比如經常見到的IGA病、膜性腎病、細膜增生性腎小球腎炎等，都是慢性腎功能衰竭的相關原因。
