因為全血細胞減少，引起全血細胞減少的疾病是很多的。我們常見的要鑒別的，第一個就是MDS，也叫骨髓增生異常綜合征，它在外周血往往是表現全血細胞減少，但是它的骨髓特點就不一樣了，和再障完全不同。因為MDS的骨髓特點是有病態造血的，同時有時候可以看到原始和幼稚細胞，這在再障里邊是絕對不會有的。
還有引起全細胞減少的疾病就是PNH，這血液系統常見的病，叫真發性睡眠性血紅蛋白尿，這個是血液系統的溶血性疾病。它雖然表現全血細胞減少，但實質上它是骨髓增殖性的貧血，在骨髓里邊是增生的。同時它有特異的實驗室檢查，就是要查PNH克隆，用流式細胞儀可以檢測。再有一些間接指標，因為它是溶血，那么它的膽紅素往往是增加的，這在再障里面這應該也不會有的。
那么還有就是全血細胞減少疾病就是急性造血功能停滯，因為它是有病因引起的，一般是有感染、病毒或細菌，急性感染造成的急性造血功能停滯。但是這種病，因為隨著本病的控制，它是有自限性的，它是使自己是可以恢復的。再障不給特殊的治療，那是絕對不會恢復的。
再有一個鑒別的就是骨髓纖維化，雖然表現全血細胞減少，那么它的骨髓特點一個是干抽，還有就是骨髓里邊也有可能會見到原始幼稚細胞。那么通過骨髓活檢，它有一個特殊的染色，也叫網狀纖維染色，它是增高的，這個再障里邊是沒有的。它因為有髓外造血的一些表現，那可能有肝脾腫大，再障病人也不會有的。
再一個要鑒別就是免疫性的一些血細胞減少，那么這種免疫性肯定是有一些免疫系統的基礎疾病在里邊。另外就是我們通過實驗室的檢查，免疫指標可能會有些異常，這也是容易鑒別。還需要鑒別的是血液系統的一些惡性病，像白血病、淋巴瘤、骨髓瘤，這些也可能會有全血細胞減少。但是這些病都是自己的特點，這個在血液病方面，這些血液科醫生做鑒別，應該都是很容易做鑒別的。
