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生理性黃疸，生理性黃疸主要是跟新生兒膽紅素的代謝特點有關。這個代謝特點的話，包括膽紅素的生成相對較多，肝細胞對膽紅素的攝取能力不足，還有血漿白蛋白聯結膽紅素的能力差，膽紅素的排泄能力缺陷，還有腸肝循環的增加。因此60%的足月兒，和80%的早產兒，在生后一周內可以出現肉眼可以見到的黃疸。
病理性黃疸，它的原因多半見于膽紅素的生成過多。過多的膽紅素來源于紅細胞的破壞，以及腸肝循環的增加，這樣導致血清未結合膽紅素升高。常見的病因像紅細胞增多癥，血管外的溶血，同種免疫性溶血感染，腸肝循環的增加，紅細胞酶的缺陷，紅細胞形態的異常，血紅蛋白的異常，維生素E缺乏或者低鋅血癥等等。
肝臟的膽紅素代謝障礙，主要是由于肝細胞攝取和結合膽紅素的能力低下，使血清未結合膽紅素升高。這個常見的原因有缺氧感染，像先天性的甲狀腺功能低下、垂體功能低下、21-三體綜合征等。第三個方面病理性黃疸的原因，主要是膽汁排泄障礙，肝細胞排泄結合膽紅素的障礙，或者是膽管受阻，可導致高結合膽紅素血癥。如果同時合并有肝細胞功能受損，也可以有未結合膽紅素的升高。常見的病因像新生兒的肝炎、先天性的代謝性的缺陷、膽管的阻塞，還有先天性的非溶血性結合膽紅素增高等，這些綜合征。
