自閉癥疾病常見的治療方法有藥物治療，干預治療，康復訓練和心理治療。
藥物治療包括：氯丙咪嗪片、鹽酸丙咪嗪片、氟哌啶醇片和舒必利片。
干預治療：干預的基本目標是改善核心癥狀，即促進患者的語言發育，提高社會交往能力，矯正影響日常生活、學習和人際交往的刻板行為和不良行為，讓患者掌握生活技能和學習技能。此外，減輕和消除伴隨的神經、精神癥狀。
康復訓練：康復訓練的目標是促進患者的語言發育，提高社會交往能力，掌握基本生活技能和學習技能。多數自閉癥患者在學齡前不能適應幼兒園的教育，可在康復機構或特殊教育學校接受康復治療師和特殊教育教師等提供的康復訓練和特殊教育。學齡期語言交流能力和社交能力有所提高以后，部分患者可以到普通小學與同齡兒童一起接受教育，仍有部分患者需要繼續特殊教育。
心理治療：多采用行為治療，主要目標是強化已經形成的良好行為，矯正影響到接受教育和訓練、社會交往或危害自身安全的異常行為，如刻板行為、攻擊性行為、自傷或自殘行為等。認知治療適用于智力正常或學齡期、青春期的自閉癥患者。目的是幫助患者認識自己與同齡人的差異，自身存在的問題，激發自身的潛力，發展有效的社會交往技能。家庭治療和咨詢能使自閉癥患者的父母了解患者存在的問題，掌握恰當的養育技能和應對技巧。
