肛瘺患者進行灌腸主要是為了清潔腸道，為檢查或手術做準備。
灌腸前，醫護人員會先讓患者排空膀胱，然后采取左側臥位，雙腿屈膝，將臀部盡量靠近床邊，這樣的姿勢有利于灌腸液在腸道內的停留和流動。接著，醫護人員會準備好灌腸器具，包括灌腸筒、肛管和潤滑劑。一般會使用溫生理鹽水作為灌腸液，溫度通常在39-41攝氏度，這個溫度接近人體體溫，能減少對腸道的刺激。
灌腸時，醫護人員會先將肛管的前端涂抹上潤滑劑，比如凡士林，以減輕肛管插入時對肛門和直腸的摩擦。然后，輕輕將肛管插入肛門，插入深度一般在7-10厘米。緩慢地打開灌腸筒的開關，讓灌腸液緩緩流入腸道，速度不能太快，通常控制在每分鐘100-150毫升，這樣可以防止患者產生強烈的便意和不適感。灌腸液的量根據患者的具體情況而定，一般在500-1000毫升。
當灌腸液全部注入后，醫護人員會輕輕拔出肛管，然后讓患者保持左側臥位5-10分鐘，這樣可以讓灌腸液在腸道內充分發揮清潔作用。之后，患者會產生便意，此時要盡快去廁所排便，將腸道內的糞便和灌腸液一起排出體外。
在灌腸過程中，患者可能會感到腹部脹滿或者輕微的腹痛，這是正常現象。但如果出現劇烈腹痛、心慌、出冷汗等癥狀，要及時告知醫護人員，可能是出現了腸道痙攣或者其他不良反應。
