甲硝唑膠囊用于治療腸道和腸外阿米巴病，還用于治療陰道滴蟲病、小袋蟲病感染等，還廣泛用于厭氧菌感染的治療。用法用量，一、成人常用量，腸道阿米巴病，一次2到3粒，一日3次，療程7日。腸外阿米巴病，一次3到4粒，一日3粒，療程20日。賈第蟲病，一次2粒，一日3次，療程5到10日。麥地那龍線蟲病，一次1粒，療程7日。小袋蟲病，一次1粒，療程5日。皮膚利什曼病，一次2粒，一日4次，療程10日，間隔10日后重復一療程。滴蟲病，一次1粒，一日4次，療程7日。厭氧菌感染，口服，每日3到6粒，分3次服，7到10日為一療程。
二、小兒常用量，阿米巴病，每日按體重35到50毫克每千克，分3次口服，10日為一療程。賈第蟲病，每日按體重15到25毫克每千克，分3次口服，連服10日。厭氧菌感染，口服，每日按體重20到50毫克每千克，孕婦及哺乳期婦女禁用。目前尚未進行兒童及老年人用藥實驗，且無可靠參考文獻，不良反應包括消化道反應。如惡心、嘔吐等神經系統癥狀有頭痛、眩暈等。少數病例發生麻疹、潮紅、瘙癢、膀胱、排尿困難，口中金屬味及白細胞減少等均屬可逆性。停藥后自行恢復，有活動性中樞神經系統疾患和血液病者禁用。
注意事項包括，一、對診斷的干擾，本品代謝產物可使尿液呈深紅色。二、原有肝臟疾患者劑量應減少。三、本品可抑制酒精代謝，用藥期間應戒酒，飲酒后可能出現腹痛、嘔吐、頭痛等癥狀。本品能增強華法林等抗凝藥物的作用與土霉素合用，可干擾甲硝唑清除陰道滴蟲的作用。
