小腸絨毛萎縮可能是飲食不潔、營養不良、潰瘍性結腸炎、慢性胃炎、腸梗阻等原因導致，可以通過一般治療、藥物治療、手術治療的方式改善。
1、飲食不潔：
考慮是食物不干凈的原因導致，使細菌侵入身體，感染胃腸道，破壞腸道內的菌群環境，造成小腸絨毛萎縮。如果病情比較輕微，身體沒有明顯不適的癥狀，可以通過改善飲食習慣的方式緩解，比如多吃小米粥、白菜、西紅柿等清淡的食物，避免辛辣刺激。
2、營養不良：
可能是嬰兒時期攝入營養不足、蛋白質攝入過少、其他疾病耗能過多等原因導致，使患者處于長期營養不良的狀態，進而導致小腸絨毛細胞營養吸收不足，發生小腸絨毛萎縮的情況。可在醫生的指導下使用復方消化酶膠囊、雙歧桿菌三聯活菌散、枯草桿菌二聯活菌顆粒等藥物治療。
3、潰瘍性結腸炎：
可能是家族遺傳、免疫因素、氣候變化等原因導致，使大腸黏膜及黏膜下層發生慢性的非特異性炎癥，炎癥刺激小腸絨毛萎縮，引起患者腹痛、腹瀉。可遵醫囑使用腸炎寧片、柳氮磺吡啶腸溶片、腸胃寧片等藥物治療。
4、慢性胃炎：
該疾病主要是由于長期吸煙、飲食不當、精神壓力大等原因導致，使胃黏膜受到損傷，引發炎癥反應，炎癥長時間蔓延、刺激可能會導致小腸絨毛發生萎縮，損傷消化系統的功能。可在醫生指導下使用埃索美拉唑鎂腸溶片、雷貝拉唑鈉腸溶片、膠體果膠鉍膠囊等藥物治療。
5、腸梗阻：
該疾病考慮是腸粘連、腫瘤、疝氣等原因導致，指腸道的內容物不能正常的流通，出現通過障礙，進而導致腸道的蠕動功能喪失，出現腸道梗阻的情況。可在醫生的操作下進行腸切除腸吻合術、腸短路吻合術、腸造口或腸外置術等方式治療。
平時應注意養成良好的生活習慣，戒煙戒酒，保持良好的心情，增加體育鍛煉，增強身體的免疫力。
