CT和核磁的區別，主要有應用原理、成像原理、應用范圍等。
CT是X射線計算機斷層掃描的英文縮寫，是應用X射線掃描計算機重組圖像的，有一定輻射。核磁是核磁共振成像檢查，是利用核磁共振原理，依據所釋放的能量在物質內部不同結構環境中不同的衰減，通過外加梯度磁場檢測所發射出的電磁波，即可得知構成這一物體原子核的位置和種類，據此利用計算機重組圖像繪制成人體內部的結構圖像，沒有X射線輻射。兩者對不同人體組織顯示各有優缺點。
CT的特點，CT對骨質鈣化和氣體顯示較好，但對軟組織分辨比不上核磁共振成像檢查。CT檢查時間較短，一般2-10分鐘可以完成，比較適宜應用在急診。有射線輻射是CT檢查最大的缺點，不能隨意應用于孕婦和新生兒檢查。
核磁共振成像能將人體組織中有關化學結構的信息反映出來。這些信息通過計算機重建的圖像是成分圖像，對顱腦、脊髓和韌帶、肌肉，顯示較為清楚。核磁共振可以直接進行多方向成像，且各方向的圖像是同等的、高質量的。核磁共振成像所用參數較多，對判斷病變的組織來源較好，有利于病變的性質判定。核磁共振成像所使用的對比劑也相對的安全。對CT對比劑使用有禁忌癥的情況，可以選用核磁共振成像增強掃描代替CT增強掃描。核磁共振成像對骨皮質鈣化、氣體等顯示都不好。
核磁共振成像檢查時間較長，一般在半小時以上，容易產生偽影，不適用于急診檢查。核磁共振成像檢查價格比較昂貴，是CT檢查價格的3-4倍，不能在基層醫院普及。
