慢性便秘在兒童中的發生率越來越高，但不同的年齡階段發生的原因不盡相同，其診治策略也完全不同。首先在奶粉或母乳喂養的嬰幼兒中，患兒可出現排便次數減少的情況，這多為正常現象，可不予處理。其次在嬰幼兒添加輔食階段，此階段較容易發生嬰幼兒的便秘現象，多為輔食添加不當或添加的纖維成分不足，部分患兒可通過飲食調整進行糾正，而部分患兒癥狀可持續至學齡期。最后在兒童學齡期以后，患兒便秘的發生多和其飲食結構和活動量少以及不良的如廁習慣有關。因此小兒便秘多為功能性便秘，先天性疾病（巨結腸）較為少見，但也需要在診治中積極排除。
小兒便秘的診治策略和成人的完全不同，更不能將成人用藥減量用于小兒，小兒便秘的治療多側重于增加液體攝入、增加運動量、增加纖維攝入、如廁訓練等常規療法，常規療法治療無效時可加用一線用藥，如聚乙二醇和乳果糖等滲透性瀉劑。對于頑固性便秘患兒，可行順行灌腸檢查，但刺激性瀉劑不推薦早期用于兒童，雖然起效快但極容易造成依賴性。使用時需要遵循醫囑。
雖然在指南中益生元、益生菌不作為常規治療，但隨著越來越多的益生菌被開發以及越來越多的臨床研究發現益生菌和益生元在部分小兒便秘治療中可能存在作用，未來可能為小兒便秘治療的新方法。
