直乙狀結腸炎的治療要先區分直乙狀結腸炎是潰瘍性的還是感染性的，潰瘍性直乙狀結腸炎應誘導并維持臨床緩解及黏膜愈合，防治并發癥，改善病人生存質量。
一般治療：
無論是潰瘍性的還是感染性的直乙狀結腸炎，都應糾正水電解質、酸堿平衡紊亂，特別是注意補鉀。便血多、血紅蛋白過低者適當輸紅細胞。病情嚴重者暫禁食，予胃腸外營養。注意禁用止瀉劑、抗膽堿能藥物、阿片制劑、非甾體類消炎藥等以避免誘發結腸擴張。對中毒癥狀明顯者可考慮靜脈用廣譜抗生素。
藥物治療：
潰瘍性直乙狀結腸炎患者用藥建議：柳氮磺吡啶片：該藥屬口服不易吸收的磺胺類抗菌藥，口服后在腸微生物作用下分解為5-氨基水楊酸和磺胺吡啶。前者發揮抗炎作用，后者對腸道菌群顯示微弱的抗菌作用。美沙拉秦腸溶片：該藥能直接作用于腸道炎癥黏膜，抑制前列腺素及炎癥介質白三烯的合成產生顯著的抗炎作用，對發炎的腸壁結締組織效果尤佳。口服后在結腸中釋放轉化為乙酰水楊酸，一部分被腸道內細菌分解,從糞便排出，另一部分由腸黏膜吸收。
感染性直乙狀結腸炎患者用藥建議：左氧氟沙星片：具有廣譜抗菌作用，抗菌作用強，對多數腸桿菌科細菌敏感。孕婦、兒童、哺乳期婦女慎用。環丙沙星片：為合成的第三代喹諾酮類抗菌藥物，具廣譜抗菌活性，殺菌效果好，幾乎對所有細菌的抗菌活性，但孕婦、兒童、哺乳期婦女慎用。
