指甲蓋凹凸不平可能是指甲營養不良、甲溝炎、外傷、甲癬、銀屑病等原因導致的，如果出現明顯不適建議及時就醫。
1、指甲營養不良：
如果平時有挑食、偏食的習慣，會導致機體攝入的營養不全面，比如當身體缺乏蛋白質、維生素、鈣元素等，會導致指甲慢性營養不良，指甲狀態發生改變，變得凹凸不平，建議改掉不良飲食習慣，平時注意均衡飲食。
2、甲溝炎：
主要由真菌感染所致，真菌侵襲甲周組織會造成甲形態變化，比如指甲凹凸不平，可以在醫生指導下使用醋酸鋁溶液、阿莫羅芬搽劑、氯己定溶液等藥物改善。
3、外傷：
若指甲曾經受到過外力擠壓或猛烈撞擊，會造成甲床受損，從而影響指甲正常生長，指甲的表面可能會變得不平整，在不伴有其它異常的情況下，通常不需要特殊處理。
4、甲癬：
主要由皮膚癬菌感染所致，皮膚癬菌會侵犯甲板，進而引起指甲凹凸不平，可以遵醫囑使用伊曲康唑膠囊、鹽酸特比萘芬片、氟康唑膠囊等藥物治療。
5、銀屑病：
由于銀屑病患者角質細胞過度增殖，會誘發甲床、甲母質以及甲下皮異常，從而導致指甲形態發生改變，可以在醫生指導下使用環孢素軟膠囊、甲氨蝶呤片、阿維A膠囊等藥物治療。
平時要注意做好指甲的保護工作，指甲太長時需要及時修剪。
