引起腸道菌群失調的原因主要有飲食因素、菌叢的變化因素、藥物的代謝因素、年齡因素、胃腸道免疫功能障礙等。
1、飲食因素：
飲食可使糞便菌叢發生明顯改變，無纖維食物促進細菌易位，纖維能維持腸黏膜細胞的正常代謝和細胞動力學，食物纖維能減少細菌易位，但不能使屏障功能恢復至正常。
2、菌叢的變化因素：
菌叢組成可因個體不同而存在差異，但對同一個人來說，在相當長的時期內菌叢組成十分穩定，每個菌種的生態學地位由宿主的生理狀態、細菌間的相互作用和環境的影響所確定。
3、藥物的代謝因素：
腸道菌叢在許多藥物的代謝中起重要作用，包括乳果糖、柳氮磺胺吡啶片 、左旋多巴片等，任何抗生素都可導致腸道菌叢的改變，其取決于藥物的抗菌譜及其在腸腔內的濃度，鹽酸林可霉素膠囊和氨芐西林膠囊等容易引起菌群失調，使耐藥的艱難梭菌大量繁殖而致病，導致抗生素相關性腹瀉（偽膜性腸炎），應用甲氰咪胍等H2受體拮抗劑可導致藥物性低胃酸和胃內細菌增殖。
4、年齡因素：
隨著年齡的增高，腸道菌群的平衡可發生改變，雙歧桿菌減少，產氣莢膜桿菌增加，前者有可能減弱對免疫機能的刺激，后者導致毒素增加使免疫受到抑制，老年人如能維持年輕時的腸道菌群平衡，也許能夠提高免疫能力。
5、胃腸道免疫功能障礙：
胃腸道正常免疫功能來自黏膜固有層的漿細胞，漿細胞能產生大量的免疫球蛋白，即分泌型IgA，此為胃腸道防止細菌侵入的主要物質。一旦胃腸道黏膜合成單體或雙體IgA，或合成分泌片功能發生障礙，致使胃腸道分泌液中缺乏分型IgA，則可引起小腸內需氧菌與厭氧菌過度繁殖，從而造成菌群失調，引起慢性腹瀉。無癥狀的IgA缺乏者，小腸內菌群亦可過度繁殖。新生兒期菌群失調發生率較高，亦可能與免疫系統發育未成熟或不完善有關。
