自然流產的處理是根據自然流產不同的類型，來決定的：
第一，先兆流產，先兆流產要給予保胎治療，適當的休息，禁止性生活，黃體功能不全的給予黃體酮，保胎治療，甲胎性功能減退的，給予小劑量的甲胎性素保胎治療，并動態觀察血HCG數值的變化，彩超，就是提示宮內存活的情況下，可以繼續妊娠。
第二點，難娩流產，一旦確診，應該盡早地使胚胎或者是胎盤組織完整的排出，并給予抗生素預防感染。
不全流產，已經確診應盡快行刮宮術或者是減壓術清除宮腔內的殘留的組織，陰道大流血，伴有休克的時候可以同時給予輸血，輸液治療，并給予抗生素預防感染。
完全流產，如果流產的癥狀消失，超聲檢查證實宮腔內沒有殘留的妊娠物，如果沒有感染的征象，不需要特殊處理，意思是稽留流產，處理比較困難，胎盤的組織激化與子宮壁緊密粘連，致使刮宮困難，晚期流產滯留的時間長，可以發生凝血功能障礙，造成嚴重的貧血，處理前應檢查血常規血、血小板以及凝血功能，并做好輸血的準備。如果凝血功能正常，可以先口服三到五天的雌激素類的藥物，提高子宮肌對縮宮素的敏感性。
如果子宮小于十二周，可行刮宮術，術中盡力注射縮宮素，刮宮時，特別小心，避免子宮穿孔，一次刮不干凈，可以帶五到七日以后，再次刮宮，子宮大于十二孕周者，可以使用米非司酮加米索前列醇或者是靜脈滴注縮宮素促使胎兒、胎盤娩出，若出現凝血功能障礙，應盡早輸入新鮮的血、血漿纖維蛋白原等，帶凝血功能好轉以后，再行刮宮。
