首先看一下原發性疾病起病是比較隱秘的，早期缺乏典型的癥狀，臨床癥狀較明顯的病情大約已進入中晚期，本病主要是在肝硬化的基礎上發生或者已轉移到胃。
1、肝區的疼痛是最常見的癥狀。
2、肝臟的腫大，肝臟呈進行性增大，質地堅硬，表面凹凸不平。
3、黃疸，一般出現在晚期，多為阻塞性的黃疸，少數為肝細胞性的黃疸。阻塞性的黃疸成因腫瘤壓迫，或者侵犯膽管和肝門淋巴結轉移，腫大的淋巴結壓迫的膽管造成阻塞所致。再一個是肝細胞性的黃疸，主要是由于癌組織肝內廣泛的浸潤，合并肝硬化慢性肝炎所引起的。
4、再就是肝硬化，肝硬化的征象，在適代償期肝硬化基礎上發生原發性肝癌的患者，常有基礎病的臨床表現，原有腹水者，可表現為腹水迅速增加，且難治性，腹水一般為漏出液。血性腹水多因肝癌侵犯肝包膜，或者向腹腔內破潰引起的，少數是由腹膜轉移癌所引起的。
再有癥狀就是肝惡性腫瘤的全身表現，是中晚期的主要表現，主要有進行性的消瘦、發熱、食欲不振、乏力、營養不良和惡病質等。中晚期還有轉移灶的癥狀，如轉移至肺、骨、腦、淋巴結、胸膜等處而產生相應的癥狀。有時患者以轉移灶癥狀為手法糾正。
再一個就是伴癌綜合征，伴癌綜合征主要是指原發性肝癌，患者由于本身癌組織代謝異常和癌組織對機體影響，而引起的內分泌和代謝異常，一組癥候群，主要表現為自發性的低血糖，紅細胞增多癥，罕見有高鈣血癥、高脂血癥、類癌綜合征等。
