第一、睡眠性頭痛，睡眠性頭痛，是臨床上少見的頭痛類型，又稱瞬時頭痛或者是定時頭痛，這些患者總是在夜間睡眠中，因為兩側短暫的頭痛發作而被喚醒，伴惡心，但沒有其他自主神經癥狀。頭痛發作出現的，每晚基本相同的時間，有時在睡夢中，并且每晚不止一次發作。
第二、偏頭疼，偏頭痛可以出現在夜間睡眠或者是發生在睡眠不足的情況下，調查發現50%的偏頭疼，發生在凌晨四點到上午九點。有的學者認為，偏頭痛發作起源于做夢時，睡眠紊亂，被稱為是引起偏頭痛發作的常見誘因，同時偏頭痛患者的睡眠障礙，患病率很高。
第三、叢集性頭疼，叢集性頭痛的這個發生，與睡眠期生物鐘有明顯的關系，隨著晝夜節律變化，頭痛像上了鐘表發條一樣，總是在每天相同的時間發作和緩解。叢集性頭痛具有顯著的時間特征，幾乎每天在相同的時間，凌晨一到兩點，下午一到三點，晚上九點是頭痛發作的高峰。
叢集性頭疼與睡眠有著獨特的關系，約半數患者夜間痛醒的經歷，頭痛多在患者入睡后九十分鐘左右發生。剛好是睡眠的第一個快速眼動相睡眠出現的時間，但有時也發生在非快速眼動像睡眠的第二期和第四期。
另外有研究顯示，在頭痛的叢集發作期，叢集性頭痛患者的快速眼動相睡眠時間減少，而非快速眼動相的第三和第四期增加。
