舌頭根部痛引起偏頭疼考慮是口腔潰瘍、植物神經功能紊亂、三叉神經痛、精神障礙、舌癌等原因所致，可以通過應用藥物、手術等方式改善，如有不適癥狀，建議及時就醫。
1、口腔潰瘍：
是發生在口腔黏膜部位的潰瘍性損傷，若出現舌頭根部，則會出現明顯疼痛感，如果患者病情比較嚴重，也有可能會出現一側頭部隱痛。一般可以遵醫囑應用冰硼散、口腔潰瘍散、西地碘含片等藥物治療。
2、植物神經功能紊亂：
主要與心理社會因素有關，患病后會導致植物神經功能出現異常，進而誘發血壓異常、盜汗等現象，也有可能會導致身體的感知能力異常，進而誘發舌頭麻木、疼痛、一側或雙側頭疼等現象。一般可以遵醫囑應用甲鈷胺片、維生素B1片、谷維素片等營養神經的藥物治療。
3、三叉神經痛：
屬于比較常見的腦神經疾病，高發年齡在48~59歲，一般會導致三叉神經支配區域有反復的劇痛，隨著病情的不斷發展，也有可能會出現面部、舌頭根等部位刺痛。一般可以遵醫囑應用卡馬西平片、苯妥英鈉片、加巴噴丁膠囊等藥物治療，也可以在醫生操作下通過三叉神經顯微血管減壓術治療。
4、精神障礙：
患病后會導致患者認知、情感以及行為出現異常，主要表現為暴躁易怒、失眠、行為異常等現象，也有可能會出現軀體問題，比如胃痛、頭痛、舌根痛等。一般可以遵醫囑應用鹽酸氯丙嗪片、奮乃靜片、鹽酸舍曲林片等藥物治療。
5、舌癌：
是一種發生在舌部的惡性腫瘤性疾病，患病后隨著局部腫瘤體積的不斷增大，會對周圍組織造成刺激和壓迫，進而引起舌頭根部、舌頭表面等部位劇烈疼痛，也會伴有舌頭潰爛，如果舌頭部位的血管受到壓迫，會影響腦部的正常血液供應，進而誘發一側頭疼。一般可以在醫生操作下通過舌部分切除術、放射治療等方法改善。
無論是哪種疾病因素所致，都需要定期去醫院復查，以便監測病情變化。
