臨床上沒有急性結膜炎首選眼藥水的說法，患者可以應用鹽酸左氧氟沙星滴眼液、氯霉素滴眼液、更昔洛韋滴眼液、阿昔洛韋滴眼液、妥布霉素地塞米松滴眼液等，使用藥物時需要在醫生的指導下使用，不可以私自使用。
1、鹽酸左氧氟沙星滴眼液：
屬于抗感染藥，可以用治療敏感細菌感染引起的急性結膜炎，緩解患病后引起的結膜充血、腫脹、流眼淚等癥狀。使用藥物前需要將手清洗干凈，然后將藥物直接滴入眼睛中，閉眼2~3分鐘，有利于藥物成分被身體吸收。
2、氯霉素滴眼液：
可以用于治療大腸桿菌、流感嗜血桿菌、金黃色葡萄球菌等多種敏感菌感染引起的疾病，比如急性結膜炎、角膜炎等。使用藥物時需要做好眼部清潔衛生，不可以用手揉眼睛，以免導致感染加重。
3、更昔洛韋滴眼液：
屬于抗病毒的藥物，可以用于治療單純皰疹性角膜炎。如果急性結膜炎是病毒感染引起的，也可以使用此藥物治療。使用藥物前需要用清水沖洗眼部，能夠清潔分泌物，然后將眼藥水滴入眼睛中，從而達到治療疾病的目的。
4、阿昔洛韋滴眼液：
是抗病毒藥，能夠用于治療病毒感染引起的疾病，比如單純皰疹性角膜炎、急性結膜炎等。此藥物僅供眼睛使用，不可以口服。
5、妥布霉素地塞米松滴眼液：
為眼科用藥可以用于急性結膜炎、角膜炎、瞼腺炎等疾病，能夠減輕局部水腫以及炎癥反應。本藥品可以在任何時間段使用，沒有固定的使用時間。
患者在使用藥物治療期間需要注意休息，保證充足的睡眠，以免導致眼部疲勞，影響藥物治療疾病效果。
